Lucas is een gewone jongen van twaalf, totdat hij op zijn verjaardag vreemde stemmen hoort die niemand uitspreekt. Diezelfde nacht wordt hij ontvoerd. Wanneer zijn ouders aangifte willen doen, ontdekken ze iets onvoorstelbaars: volgens alle officiële gegevens heeft Lucas nooit bestaan. Zijn geboorteakte, foto's en schooldossiers zijn verdwenen. Alleen Eva en Ruben blijven ervan overtuigd dat hun zoon leeft. Lucas ontwaakt in een geheim onderzoekscentrum waar hij ontdekt dat hij Subject 12 is: het enige volledig geslaagde resultaat van Project Genesis, een geheim experiment waarbij kinderen met bijzondere gaven werden gecreëerd. Daar ontmoet hij Noah, Subject 8, die al zijn hele leven gevangen zit. Terwijl de jongens hun krachten ontwikkelen, ontdekken ze dat diep onder het laboratorium honderden nieuwe embryo's wachten op een volgende generatie experimenten. Samen besluiten ze niet alleen te ontsnappen, maar ook Project Genesis voorgoed te stoppen. Subject 12 is een meeslepende sciencefictionthriller over familie, vriendschap, genetische manipulatie en de vraag of liefde en vrijheid uiteindelijk sterker zijn dan angst en controle.