Op een zonnige dag trekken Amelie, Tommy en Matheo vol verwondering door de dierentuin. Alles lijkt rustig en mooi, tot het jonge olifantje Bono plots verdwenen is. Terwijl bezoekers fluisteren en verzorgers ongerust zoeken, merken de drie kinderen kleine dingen op die anderen missen: sporen in het zand, een open zijpoort en aanwijzingen die steeds duidelijker maken dat Bono alleen ergens rondloopt. Vastberaden besluiten ze mee te helpen. Hun zoektocht voert hen langs modderige paden, dichte struiken en spannende reddingsmomenten waarin moed, vriendschap en slim nadenken het verschil maken. Samen met Mevrouw Sofia en de verzorgers doen ze alles om Bono veilig terug bij zijn mama te brengen. Maar net wanneer de rust lijkt terug te keren, ontdekken de kinderen iets onverwachts: een oude bronzen sleutel met een olifant erop, verborgen in de aarde achter het verblijf. Dan voelen ze een vreemde trilling onder hun voeten. Wat begon als een reddingsactie, eindigt in een mysterie dat nog maar net ontwaakt. Amelie in de zoo is een warm, spannend en sprookjesachtig avontuur over dierenliefde, vriendschap, dapper zijn en geheimen die diep onder de zoo verborgen liggen.