Onder het Eemmeer ligt een geheim dat eeuwenlang verborgen moest blijven. Wanneer historisch onderzoeker Marieke Hagen en archivaris Thomas Veldman oude documenten, codes en verdwenen archieven ontcijferen, ontdekken ze een verband tussen gebeurtenissen uit 1477, 1619, 1665 en het heden. Achter de aanwijzingen blijkt een machtige familie schuil te gaan die al generaties lang alles doet om waardevolle kennis en geheimen in eigen handen te houden. Van de vermeende begraafplaats van Johan van Oldenbarnevelt onder de Catharinakerk tot de mysterieuze oerbron diep onder het Eemmeer: iedere ontdekking brengt Marieke en Thomas dichter bij een waarheid die levensgevaarlijk blijkt. Terwijl hun zoektocht hen steeds dichter bij elkaar brengt, ontdekt Claire, verbonden aan de familie, dat haar eigen verleden misschien de ontbrekende sleutel bevat. Dan verschijnt een laatste aanwijzing: een eeuwenoude handtekening van Johan de Witt, verborgen aan de andere kant van de oceaan. Het Eemien Protocol is een meeslepende historische psychologische thriller over macht, liefde, verraad en een geheim dat misschien nooit had mogen worden gevonden.